Debussy assiste à la première représentation en 1893, et la même année, dans une lettre à Chausson qui date du 16 novembre, il indique avoir joué et chanté en une seule soirée les 5 poèmes de Baudelaire, la Demoiselle élue et Pelléas et Mélisande. Il s'était donc lancé dans des esquisses avant même d'avoir rencontré Maeterlinck et avoir obtenu son accord.

Les relations entre les deux artistes commencent remarquablement bien. Debussy obtient tout de suite l'autorisation du poète qui finit par déclarer que c'est une chance pour lui que Debussy accepte de mettre sa pièce en musique. Maeterlinck donne aussitôt son aval à toutes les coupures que le musicien jugera nécessaire. Grâce à cela, une première version de l'opéra est achevée dès 1895 (Debussy la retravaillera cependant plusieurs fois avant la création en 1902).

Les premières traces de conflit apparaissent en 1898 à propos de la musique de scène composée par Fauré (présentée à Londres), dont Debussy aurait voulu être informé par le poète. Le ton va monter jusqu'en 1901, lorsque Maeterlinck tente d'imposer sa maîtresse pour le rôle de Mélisande (Georgette Leblanc). Debussy, soutenu par Albert Carré, directeur de l'Opéra-comique, lui préfère Mary Garden, ce qui achèvera de brouiller les deux hommes.

Maeterlinck essaie de couler la production de Debussy, en y dénonçant des coupures absurdes, assurant que le Pelléas de Debussy lui ait devenu "une pièce étrangère, presque ennemie".

Le répétition générale, relatée par le chef d'orchestre (André Messager) et le chef de chœur se passe très mal, la première a lieu le 30 avril dans une atmosphère beaucoup plus calme, la critique se concentrant uniquement sur "le ridicule du texte". On reproche cependant à Debussy l'absence de rythme et de mélodie des parties vocales, ainsi que le « flou » de l'orchestre.
L'incompréhension du public a été total en ce qui concerne le caractère psalmodique du chant, et les tessitures plutôt basses des voix ont de quoi décevoir des spectateurs habitués au « Bel Canto ».

Les coupures :

Après 1901, Maeterlinck se dit furieux des coupures de Debussy qui défigurent le drame.

Cependant, si le compositeur n'a pas hésité à supprimer quelques passages important de la pièce, le livret n'en reste pas moins compréhensible.

• Debussy supprime la première scène, très importante dans la pièce car elle introduit l'ambiance irréelle qui règne sur la pièce.

• Il supprime également la scène 4 de l'acte II, où l'on a une justification du malaise général par des considérations politiques, ce qui n'empêche pas une vision cohérente du drame.

• Suppression également de la scène 1 de l'acte III (Golaud suprend Pelléas, Mélisande et Yniold et constate qu'ils ont pleurés). Cette scène s'inscrit dans la progression de la jalousie de Golaud.

• Quelques coupures dans la scène 5 de l'acte III (pour des raisons de moralité, Debussy ne garde pas la phrase de Golaud « et le lit, sont-ils près du lit ? ».

• Suppression de la scène 1 de l'acte V, dans la version de Debussy, les servantes ne chantent pas.

• Quelques coupures parsemées, en particulier dans la lettre, et omission de quantité de détails, qui ne nuisent pas à la compréhension du drame.