Debussy s'empare du drame de Maeterlinck très vite après sa création. Il commence à travailler sur celui-ci alors qu'il vient juste de composer le Prélude à l'après-midi d'un faune.

Dans Pelléas et Mélisande, de nombreuses caractéristiques de l'harmonie classique sont abandonnées. Les cadences sont très peu nombreuses, on n'en compte qu'une quinzaine dans tout l'opéra (on trouve bien sûr des cadences propres à Debussy, mais qui ne font pas référence à des tonalités).

L'harmonie est travaillé autour de quelques grands axes, avec par exemple :

• un axe modal, qu'on voit apparaître dès les premières mesures, avec le thème de la forêt (4 premières mesures), puis celui de Mélisande au hautbois (à la mesure 14).

• la gamme par ton, qui apparaît également au tout début (à la mesure 5) dans l'harmonie qui habille le thème de Golaud.

• Des accords à résonance naturelles (avec septième et neuvième, et souvent même la neuvième sans la tierce, ce qui donne une caractère assez dure).

• Des suites d'accords parallèles.

L'héritage de Wagner :

Dans cet opéra, on peut associer certains thèmes à des situations et des personnages, mais contrairement aux Leitmotiv de la Tétralogie de Wagner, ces motifs ne sont présents que dans les parties instrumentales. Debussy emprunte également à Wagner l'idée d'un opéra continu, sans numéros et sans divisions. Il écrira cependant quelques interludes supplémentaires pour faciliter les changements de décors. Au sein de ceux-ci, les thèmes vont intervenir de façon à faire basculer le drame, anticipant l'action par la musique.

Debussy a toujours été très discret sur son travail, et en particulier sur Pelléas, tout les éléments qui nous sont parvenus proviennent du travail des musicologues, aussi l'association des éléments thématiques aux personnages ou à des éléments de situation ou d'état psychologique est-elle en partie ouverte ; les commentateurs se rejoignent cependant largement sur le rôle de la plupart des éléments thématiques.

Le thème de Golaud par exemple (mesure 5), au rythme caractéristique que l'on retrouve dans plusieurs passages évocateurs (ainsi lorsque Golaud surprend Pelléas jouant avec les cheveux de Mélisande). Golaud, le chasseur, est également symbolisé par le timbre du cor.

Le thème initial (les 4 premières mesures), inscrit dans le mode de ré, représente la forêt ou l'évocation d'un monde lointain (dans l'espace et dans le temps).

Debussy va également joué sur le caractère symbolique des échelles musicales, par exemple en opposant Mélisande (dont le thème s'inscrit dans une échelle potentiellement pentatonique (lab, sib, réb) et Golaud, (échelle par ton au caractère assez angoissant que l'on entend par exemple dans la scène des souterrains).

Il va également introduire une parenté entre les thèmes de Mélisande et de Pelléas (n°40 à la flûte dans la partition), tout deux basé sur un intervalle de quarte juste, très mélodique tout les deux contrairement au thème de Golaud.

La Symbolique des timbres :

La symbolique des timbres est évidemment très présente, avec le cor qui représente Golaud, le hautbois et le cor anglais pour Mélisande, et la flûte essentiellement pour Pelléas.

Les trombones (qui depuis leur intervention dans le troisième acte de l'Orféo de Monteverdi, sont utilisé symboliquement pour illustrer l'apparition du surnaturel) apparaissent à des moments clés du drame. Lorsque Golaud intime l'ordre à Mélisande d'aller chercher l'anneau qu'elle a égaré, moment où Mélisande commence à mentir effrontément ; ou encore au moment de la mort de Pelléas.